De stichting wordt bestuurd door het College van Bestuur. Het College van Bestuur geeft leiding aan zes directeuren/rectoren. De directeuren/rectoren geven leiding aan middenkader en overige medewerkers op hun school/scholen en zijn binnen vastgestelde kaders integraal verantwoordelijk voor het onderwijs, het personeel en het beheer van hun school/scholen. Het CvB en de directeuren/rectoren vormen samen de Directieraad. De Directieraad wordt voorgezeten door de voorzitter van het College van Bestuur.
Gedeelde ambitie
Het College van Bestuur en de directieraad van de Onderwijsgroep Amersfoort streven een pluriforme onderwijsgroep na van zelfstandige, ondernemende en ambitieuze scholen die nauw samenwerken om van elkaar te leren; die zich verantwoordelijk voelen voor elkaar en elkaars kwaliteit; die uitstekend onderwijs verzorgen en die innoveren om het leren en de ontwikkeling van leerlingen systematisch te bevorderen.
Bureau voor bestuurs- en managementondersteuning
Het bureau verzorgt de personeels- en salarisadministratie, de financiën en de ondersteuning van de directieraad, het College van Bestuur en de Raad van Toezicht op beleidsmatig- en uitvoerend gebied.
Medezeggenschap
De medezeggenschap is geregeld in de Wet medezeggenschap op scholen (WMS). Voor het voortgezet onderwijs heeft de Onderwijsgroep Amersfoort een gemeenschappelijke medezeggen-schapsraad (GMR), waarin onderwerpen worden behandeld die voor de scholen voor voortgezet onderwijs van gemeenschappelijk (schooloverstijgend) belang zijn. De gesprekspartner van de GMR is het College van Bestuur. De scholen voor voortgezet onderwijs hebben elk hun eigen medezeggenschapsorgaan.
In het voortgezet speciaal onderwijs heeft de Onderwijsgroep Amersfoort sinds de reorganisatie nog maar één school, het Axia College. De GMR voor het (voortgezet) speciaal onderwijs is per 1 augustus 2017 opgeheven. Aan het Axia College is een medezeggenschapsraad (MR) verbonden. De directeur voortgezet speciaal onderwijs is de gesprekspartner voor de MR van het Axia College. Als in de MR schooloverstijgende zaken aan de orde komen is de gesprekspartner het College van Bestuur.
Raad van Toezicht
De Raad van Toezicht houdt toezicht op het College van Bestuur en op de algemene gang van zaken van de stichting.